MultiGeneBlast

Beskrivelse

MultiGeneBlast er et åpen kildekode-verktøy basert på en omformatering av FASTA-overskriftene til NCBI GenBank-proteinoppføringer, som bruker den til å spore opp kildenukleotid og koordinater. MultiGeneBlast kan hjelpe til med å oppdage slike multigendeler for syntetiske biologiprosjekter. Et syntetisk bibliotek med operoner kan opprettes basert på utdata for å identifisere de operonene hvis funksjon er nærmest den som er ønsket av brukeren. Dette verktøyet gir muligheten til å identifisere alle homologe genomiske regioner ved å kombinere resultatene av enkelt BlastP-kjøringer på hvert gen, og sortere genomiske regioner fra alle GenBank-oppføringer etter antall treff, synteny-konservering og kumulativ Blast-bitscore. Arkitektursøk kan utføres for å finne alle genomiske regioner med Blast-treff til enhver brukerspesifisert kombinasjon av aminosyresekvenser.