GATE

Beskrivelse

GATE (Grid Analysis of Time-Series Expression) er en integrert beregningsprogramvareplattform for analyse og visualisering av høydimensjonale bio-molekylære tidsserier. GATE bruker en korrelasjonsbasert klyngealgoritme for å arrangere molekylære tidsserier på en todimensjonal sekskantet matrise og farger dynamisk individuelle sekskanter i henhold til uttrykksnivået til den molekylære komponenten de er tildelt, for å lage animerte filmer av molekylært systemnivå. regulatorisk dynamikk. For å utlede potensielle regulatoriske kontrollmekanismer fra korrelasjonsmønstre, tillater GATE også interaktiv utspørring av filmer mot et bredt utvalg av tidligere kunnskapsdatasett. GATE-filmer kan settes på pause og er interaktive, slik at brukere kan rekonstruere nettverk og utføre funksjonelle berikelsesanalyser. Filmer laget med GATE kan lagres i Flash-format og settes direkte inn i PDF-manuskriptfiler som interaktive figurer.