FlexS

Beskrivelse

FlexS forutsier konformasjonen og orienteringen til en av liganden i forhold til den andre. I FlexS antas referanseliganden å være stiv, og derfor bør den gis i en konformasjon som ligner den bundne tilstanden. Superposisjonsalgoritmen i FlexS krever bare lite manuell intervensjon. Du kan integrere denne kunnskapen i beregningene med FlexS ved å utføre enkelttrinn manuelt. Dermed er FlexS designet for interaktivt arbeid på ligandpar så vel som for ligandbasert virtuell screening. De to hovedapplikasjonene til FlexS er superposisjonering av ligand (f.eks. for CoMFA/QSAR) og virtuell screening. Hvis du har et protein og et lite molekyl som binder seg til det (såkalt referanse-ligand), men ingen struktur av proteinet, kan du ta referansestrukturen som et negativt fingeravtrykk av det aktive stedet. FlexS bestemmer likheten mellom testen og referansestrukturen ved å justere dem. I virtuell screening har du en referanse-ligand og et sett med forbindelser, og du er interessert i å prioritere forbindelsene for eksperimentell testing.