RAPTOR

Beskrivelse

RAPTOR er en innovativ programvare designet for nøyaktig prediksjon av proteinstruktur. Den kombinerer avanserte analyseverktøy i en integrert programvareløsning og gir tre forskjellige metoder for tråding. RAPTORs unike heltalsprogrammeringsoptimaliseringsmetode er mest effektiv for å finne strukturmaler for mål med lav sekvenshomologi og er i stand til å generere modeller av høy kvalitet. Det brukervennlige grensesnittet og de lettfattelige E-verdiene er ideelle for nybegynnere og eksperter. Fremfor alt gjør den intuitive visningen av utdata brukerne i stand til å forstå resultatene bare med et øyeblikk. Gitt en målproteinsekvens, hvis det er et homologt protein med kjent 3D-struktur, kan det bli funnet ved å bruke sekvenssøkverktøy som PSI-BLAST, også gitt i RAPTOR. Målets struktur bygges deretter fra den kjente strukturen; når sekvenshomologien ikke er signifikant, dvs. mindre enn 25%, kan imidlertid PSI-BLAST ikke komme opp med et trygt treff. I motsetning til PSI-BLAST, som ganske enkelt gjør et sekvensøk, bruker proteintråding, foldegjenkjenning, både homologi og strukturinformasjon. Den skanner proteinsekvensen med en ukjent struktur mot en database med kjente strukturer. Ved å bruke en poengsumfunksjon og utføre kompatibilitetsanalyse mellom tredimensjonale strukturer og lineære proteinsekvenser, vil den beste strukturmalen bli identifisert som sekvensens struktur kan bygges fra. Som et resultat gir proteintråding en overlegen forutsigelse enn homologimodellering når det er marginal sekvenshomologi.